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试管胎停与自然怀孕胎停原因相同，具体原因有以下几种：1、胚胎因素：胚胎是异倍体且染色体不正常，因为自然界的优胜劣汰而不能出生，可能出现胚胎停育、早期种植失败以及生化妊娠，此时需要结束妊娠。如果异常的胚胎是畸形儿，则不建议继续妊娠；2、母体因素：母体可能由于自身免疫性疾病或者血液高凝状态，处于血栓前状态或者母体存在原发基础病，包括高血压、糖尿病、甲状腺功能异常，这些情况都容易导致胚胎停育或者不着床；3、其他原因：原因不明而导致反复多次胚胎停育，由于目前的医学手段无法检测。有可能是半自体移植的胚胎对自身不排斥，但可能对来自于父方有排斥作用，从而出现免疫的血栓前状态，也有可能是其他原因。查明病因后可能需要调整免疫抑制剂、改善血液高凝状态等药物，通过这些方法改变妊娠的最后结局。