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新生儿窒息主要是缺氧以及缺氧引起的酸中毒及循环障碍，可导致组织器官的代谢异常，从而引起相关的功能障碍，主要表现在脑、心、肺、肝、肾以及胃肠道等方面。程度重或未经积极治疗者，可以导致器官功能衰竭，甚至危及生命。经积极治疗存活的患儿，组织功能障碍大多可以恢复到正常。但有一部分患儿脑部的损伤，会留有不同程度的后遗症。由于脑部是全身耗氧量最大的器官，窒息的时候因为缺氧以及酸中毒，使脑部供氧和供血均减少，从而使脑部细胞因缺氧而出现代谢异常，导致脑细胞水肿，甚至脑神经元坏死，从而留有神经系统的后遗症，比如智力低下、癫痫、脑瘫等。窒息后如果发生较重的新生儿缺氧缺血性脑病，常需长期规律的康复治疗，以提高生活质量。