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二甲双胍最主要的副作用是消化道反应，常见的是恶心、呕吐、腹泻、腹痛，甚至部分患者出现胃酸增多等，此类副作用通过合理的剂量选择，可以避免发生。缺氧性疾病或心衰的患者应用二甲双胍可诱发乳酸性酸中毒，应避免应用。对于肾功能不好的糖尿病患者，如EGFR值小于30ml/(min·1.73m^2)时，二甲双胍应慎用或停药，二甲双胍在EGFR值足够高时可安全应用。