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神经内镜主要分两类，一类为脑室镜，器械完全通过神经内镜进入脑室内，在脑室镜管道内进行操作。主要是应用在蛛网膜囊肿的手术切除，脑室内病变、脑出血，或是三脑室造瘘、脑室粘连等手术。另一类为颅底镜，器械在脑室镜的外侧，称境外操作，它主要是应用于颅底的肿瘤及血管病方面，比如垂体腺瘤、颅咽管瘤、鞍区的脑膜瘤等。神经内镜在垂体瘤以及颅咽管瘤的切除方面有不可替代的作用，可以更清楚地观察病变的情况和周围重要组织，确保这些结构不受破坏。