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运动后腹部疼痛原因主要包括肠道适应性问题、功能性问题以及肠易激综合征等，具体内容如下：1、肠道适应性问题：可能运动后，肠道突然出现蠕动增快，引起痉挛性疼痛；2、功能性问题；3、肠易激综合征：与情绪有关，因肠道可以分泌影响神经物质，肠道与脑部存在神经联系，当出现焦虑或者受到应激反应时，腹部即可出现疼痛。因此，如果每次运动时均会出现腹部疼痛，需要到神经内科就诊，查明原因，必要时服用药物治疗。如果为偶尔疼痛，一段时间后即可好转，则无需特别处理。