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胃肠道间质瘤的性质一般不用良恶性来判断，与胃癌不同，胃肠道间质瘤来源于间皮细胞，与胃癌的来源不同，胃肠道间质瘤一般用危险程度来评价，分为极低危、低危、中危、高危，主要评价标准如下：1、来源：来源于胃还是来源于肠、来源于结肠还是来源于小肠等；2、细胞分化：需要在显微镜下看细胞分化，比如做了手术以后显微镜下可以看到细胞的分化表现；3、大小：间质瘤的大小，如＜2cm、2-5cm、＞5cm，甚至更大。一般综合以上因素可基本判断胃肠道间质瘤的性质，极低危可以理解为良性病变，如果危险程度较高，可以理解为已经到了恶性的一种表现。根据危险度不同，是否需要进行后续的药物治疗，需要医生进行判断。因此不管间质瘤的性质如何，建议到专业的医生处就诊，以确定治疗方式。