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胃肠道间质瘤是恶性肿瘤，其恶性程度多根据肿瘤的位置、肿瘤的大小以及核分裂像的情况决定，可分为极低危险度、低危险度、中危险度和高危险度。胃肠道间质瘤应做到早发现早处理，若不及时治疗，任由肿瘤发展，恶性程度会随病情的进展逐渐增高，可从较早期的病变发展到相对晚期的病变，会增加治疗的难度，同时降低治愈的几率。