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目前为止，胃肠道间质瘤的病因尚不明确。临床上大多数恶性肿瘤的病因均不明确，只有极个别恶性肿瘤有明确的病因。大部分恶性肿瘤均由于综合因素引起发病，包括家族遗传因素、环境因素、饮食因素、生活习惯变化等。因大部分恶性肿瘤病因不明，所以暂时无法找到有效的根治方法。