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治疗胃肠炎最好的抗生素为最适合的抗生素，胃肠炎发作时常见使用以下几种抗生素：一、消炎：1、喹诺酮类：左氧氟沙星、诺氟沙星；2、头孢类；3、青霉素类。二、抗感染：1、甲硝唑、替硝唑类：主要治疗厌氧菌感染；2、青霉烯类：若患者消化道感染的血象较高，同时患有明确的基础疾病，患者处于感染性休克的阶段，可先选择这类药效较强的抗生素；3、阳性球菌抗生素：抗阳性球菌感染。急性胃肠炎大部分情况下为革兰氏阴性杆菌或者厌氧菌导致的感染，但是在没有明确的病原学证据之前，临床医生会先采取经验性用药，经验性用药就是针对常见的致病菌选用相关药物。在明确感染，采取经验性用药之前，需留取病原学相关的标本，比如可能需要留取胃肠道的大便标本或呼吸道的痰液标本，以此确定病原体，随后再根据明确的病原体选择适合的抗生素。