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胃肠道间质瘤患者所处的病情阶段不同，首选的治疗方法也会因此有所不同。具体治疗方法如下：1、手术切除：对于原发局限的胃肠道间质瘤，即肿瘤没有出现扩散，而且是可以切除的情况下，首选治疗应该是手术切除；2、新辅助治疗：部分患者由于肿瘤比较大，直接手术切除困难，这时首选的治疗方法是在术前给予6-12个月的新辅助治疗，即在术前口服靶向药物缩小肿瘤，通过肿瘤的缩小情况评估，来决定是否需要进行手术治疗。对于部分保留器官和功能的手术，也可以在术前考虑进行新辅助的治疗；3、靶向治疗：对于不能切除转移的，或者复发的胃肠道间质瘤，首选的治疗方法是靶向治疗，即口服的靶向药物治疗。目前根据国内外指南的推荐，胃肠道间质瘤有一线、二线，三线、四线药物的选择，一线药物是伊马替尼，二线药物舒尼替尼，三线药物是瑞戈非尼，四线药物是瑞派替尼。晚期患者虽然口服靶向药的效果相对比较好，但具体药物的选择，以及首选药物治疗耐药以后的处理，都需要有经验的医生综合进行判断。所以建议查出胃肠道间质瘤的患者，应该及时去权威的三甲医院进行正规的治疗，具体的治疗方案需要结合临床，由医生面诊指导作为标准。