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肝内胆管结石的手术方式，主要视其有无解剖异常而定。如果有解剖异常，比如肝内胆管结石合并有肝内胆管狭窄，且狭窄很明显，局限在一侧肝叶，这时候肝内胆管结石的手术方式是进行肝部分切除，即在狭窄段内进行肝叶切除。如果肝内外胆管结石在手术前通过核磁检查，证实没有肝内胆管狭窄，这时手术方式比较简单，只需放置一个T管在胆总管，手术后再用碎石机结合胆道镜，进行碎石处理，把肝内胆管结石中每一个分支的胆管结石都粉末化，使其从自然腔道排出，以上都是肝内胆管结石的手术方式。且肝内胆管结石也可采取做微创手术等，但是手术要注意以下原则：第一原则是取净结石；第二原则是通畅引流；第三原则是解除梗阻。