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先天性巨结肠治疗从传统意义上有Duhamel、Rehbein、Soave、Swenson四大手术方式，但是经过最近几十年儿外科医生积极手术探索，现在临床最常用手术趋于微创化，一个就是经肛门，直接把结肠拖出来，从而在体外进行结肠切除，减少腹腔内污染，叫经肛门Soave手术。另外还有经腹腔镜，如果是长段型巨结肠或者全结肠型巨结肠，腹腔内游离比较困难，可以在腹腔镜辅助下进行手术，也是拖出体外，在肛门外进行吻合。现在经过几十年手术演变，微创手术包括完全经肛门或者腹腔镜辅助下手术，都能达到很好的治疗效果，减少手术后相关并发症。