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胃间质瘤手术根据切除范围不同，并发症各异，分为近期、远期并发症两类。术后近期并发症指住院期间，尤其术后一周以内发生的情况，包括胃内出血、腹腔内出血，轻微出血通过药物治疗、血压调控能够很好控制；短时间内大量出血，需要进行急诊第二次手术止血。其次，还包括术后疼痛、肺部感染、胸腔积液、消化道反应、腹腔积液、腹腔感染、腹腔脓肿。远期并发症包括肠粘连、肠梗阻。