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胃间质瘤手术后相关器官并发症主要有两种，第一种并发症为出血，为最常见的并发症；第二种并发症是吻合口瘘，手术将肿瘤及连同的胃壁切除后重新缝合，愈合中可能形成瘘道。此外，手术相关器官以外的并发症，如术前合并有老慢支或慢性肺部感染的老年人、常年吸烟者，术后可引起肺部感染。中老年合并糖尿病者，术后可能导致手术切口的愈合延迟，易感染。