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白血病骨髓移植后最常见的并发症是排斥反应，主要表现为移植后得到改善的血象、骨髓象又恢复到移植前的状态，移植成功的证据消失。其次，感染是骨髓移植失败的一个重要因素，由于骨髓移植手术后患者免疫力受到影响，功能较差，因此容易发生较为少见的病原体感染，包括细菌、真菌、病毒等方面的感染；其中细菌感染较为顽固。