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男性慢性生殖系统感染，能查到病原体。男性慢性生殖系统感染，需要行抗生素或其他药物治疗两周。在两周后，再进行生殖系统检查，如通过精液细菌培养，通过精液支原体、衣原体培养，通过精液真菌培养，通过精液淋球菌培养，常常能找到致病微生物。通过选择有效的抗生素和中成药物联合治疗，多数男性慢性生殖系统感染引起的不适症状，会明显好转。男性出现慢性生殖系统感染时，治疗上常常不规范，导致在检查时，常常不能发现致病微生物，如做尿液检查时，发现不了致病菌。这是由于男性发生前列腺炎或泌尿生殖道感染时，很少会引起尿液改变，所以通过尿常规检查，通常找不到致病微生物。另外，前列腺液分泌量非常少，所以在做前列腺液病原微生物检查时，也找不到病原微生物。国际上通常采用精液检查，在停药两周后，做精液病原微生物培养，一般能找到致病菌。