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肺部感染性疾病是临床较为常见一类疾病，例如肺炎或慢阻肺。对于病原体确定相对困难，需要结合患者临床表现。临床确定病原体主要有以下几种方法： 1、最简单的是痰培养，患者咳痰较方便，收集患者痰液送到实验室培养，大部分可以明确患者细菌方面的病原体； 2、抽血，送检血培养，与痰培养有异曲同工之妙，基本类似； 3、可以通过支气管镜进行肺泡灌洗，灌洗液送检培养，或送检特殊染色、送检涂片等。这些都是原来传统进行病原学诊断的方法，虽然传统，但确实非常有效； 4、NGS即基因测序，通过痰或肺泡灌洗液提取病原DNA或RNA，通过基因测序方法明确到底是何种病原体，临床使用越来越广泛，可得到明显获益。