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酸奶应避免与大部分感冒药同时服用，需要间隔1-2小时服用。因部分药物可能与奶制品发生化学反应，从而产生不良相互作用。部分药物可能还会使酸奶中蛋白质发生变性，生成沉淀，此时可能破坏药效影响酸奶中有效成分吸收。还有较特殊药物，如抗帕金森药物，如果与酸奶类高蛋白饮食同时使用，可能影响吸收而无法发挥药效。但部分药物可以与酸奶同时服用，比如活菌制剂可以和奶制品一起服用，不会影响药效。正常情况下感冒期间，尤其感冒发热伴细菌感染时，需要应用抗生素。如果长期使用抗生素时，可能影响肠道菌群平衡，此种情况下，适当饮用酸奶有助于恢复肠道菌群平衡。