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HLA-B27阴性代表被检测者细胞没有表达HLA-B27基因，HLA-B27基因代表人白细胞抗原B27，是主要组织相容性复合体Ⅰ类基因，主要表达在机体的有核细胞上，尤其是淋巴细胞表面。HLA-B27的表达与强直性脊柱炎有关，强直性脊柱炎90%的患者HLA-B27基因是阳性表达，一般人群中，HLA-B27阳性的患者患强直性脊柱炎的比例比阴性人群高。HLA-B27的亚型较多，与强直性脊柱炎相关的亚型主要有HLAB2704和HLA-B2705，HLA-B27阳性的健康人与强直性脊柱炎患者可能有遗传差异，所以HLA-B27阳性只代表遗传了基因，不代表患有强直性脊柱炎。HLA-B27阴性的患者，也不能完全排除患有强直性脊柱炎的可能。