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怀孕40天B超看不到孕囊为不正常的情况，怀孕40天通常可以看到孕囊。孕囊出现的时间为孕5周，5*7=35天，停经5周即怀孕5周，孕35天后即可看到孕囊。怀孕40天不但会出现妊娠囊，亦能看到胎芽，通常孕42天，即孕6周出现胎芽甚至可以看到早期的胎心管搏动，具体与机器的灵敏度和超声医生的经验有关。如果怀孕40天在B超下未看到妊娠囊，可能为停育或排卵较晚，即怀孕天数未达到40天，实际怀孕天数可能为30天。部分女性的月经周期为40天，此时停经40天不等于怀孕40天。怀孕40天指月经周期正常的女性停经40天，此时则约等于怀孕40天，B超下应该可以看到妊娠囊。但部分女性会出现排卵异常，比如排卵靠后而未出现妊娠囊，有这种可能性。一旦怀孕40天而未看到孕囊，需要检测HCG和孕酮的水平综合考量。