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肠胃感染要根据感染部位对药物的敏感性，应用对应抗生素，但是要避免抗生素滥用导致肠源性的感染。 在医疗操作过程中，如在手术前后尽量缩短患者的禁饮食时间，避免肠道菌群移位，医生能够早期启动肠内，避免肠道菌群失调，从治疗上切断传染源。 还可以使用抗感染的药物，但前提要保护肠功能，这样才会使肠源性的脓毒症大为减少。