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结核性肛瘘的诊断一般通过肛门专科检查，结合三维或四维彩超检查，以及核磁检查。做肛周检查的同时，首先要确定是否患有肺结核或者其它部位的结核导致肛周结核，比如要做结核菌素试验PPD，能够起到最主要的判定作用。还有会取一部分病理组织，做病理组织学检查判定该疾病，病理组织学可以作为金标准，可以减少误诊、漏诊等情况。做分泌物的培养，实验室培养。目前结核杆菌基因检测PCR，结核分枝杆菌定义检测相对比较稳定、高效，综合来判定是不是患者患有结核病继发的结核性肛瘘，临床的诊断可能会提高。