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免疫性甲状腺炎临床上常见桥本甲状腺炎，是一种器官特异性自身免疫性疾病，病因较复杂。遗传因素与环境因素相互作用以及年龄、性激素等协调作用而发病，具有家族聚集现象与甲状腺自身抗体的产生存在相关性。 遗传因素方面，最受关注的为HLA二类基因，尤其为DQ位点作用，HLA-DQA2A0301基因与桥本甲状腺炎易感性明显相关；细胞凋亡与桥本甲状腺炎的发病也密切相关，淋巴细胞浸润可参与细胞凋亡发生及发展。 桥本甲状腺炎甲状腺滤泡细胞高表达为Fas和FasL。浸润淋巴细胞中，FasL表达极其微弱，常提示细胞毒性；T淋巴细胞于桥本甲状腺炎发病中所起的作用并非通过其表达FasL直接杀伤甲状腺滤泡细胞，而是通过释放某些细胞因子，如白介素-1、白介素-2等上调FasL从而使甲状腺滤泡细胞发生凋亡。