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跑步时肚子痛，可能是由于小肠为腹膜内器官活动度较大，跑步时随着身体上下起伏，肠管也在上下晃动。所以跑步剧烈时肠管晃动时间长、幅度大，会引起肠痉挛而引起腹痛。大部分人群跑步不会出现肚子痛，但少部分人群在某阶段出现跑步肚子痛，通常与肠管易激惹或高敏感有关。肠易激综合征的患者肠管易激惹，如同过敏性鼻炎患者，稍微遇到冷的刺激或花粉刺激，会出现鼻部不适。由于患者肠管易激惹，一旦进行剧烈活动，运动幅度大或颠簸，肠壁表面受刺激后会引起疼痛。