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粪菌移植最主要的治疗适应症是针对复发性的艰难梭菌感染。早在1958年的时候，在西方国家美国的一个外科医生就将粪菌移植应用于伪膜性肠炎的治疗，并且取得比较好的疗效。在2013年的时候，在新英格兰杂志上面发表了一篇关于粪菌移植治疗复发性艰难梭菌感染的临床研究，其中治愈率高达93.8%。所以在2013年的时候，粪菌移植作为一种治疗手段写入美国医学指南，随着粪菌移植临床研究的不断增多，粪菌移植现在应用的适应症的范围也是不断增加，包括现在可以用于炎症性肠病，譬如溃疡性结肠炎、克罗恩病、肠易激综合征、抗生素相关性腹泻，以及一些代谢综合征，比如重度肥胖、脂肪肝等疾病的治疗。