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细菌性肝脓肿主要的病原来源革兰氏阴性菌要多过于革兰氏阳性菌，革兰氏阴性菌一般常见的是金葡菌、链球菌或者大肠杆菌，同时也有一些其它比较少见的细菌，比如军团菌或者克雷伯菌等。阿米巴性肝脓肿主要是溶组织内阿米巴引起的肝脓肿，还有其它一些比较少见的真菌性肝脓肿，或者其它特殊病原体引起的肝脓肿，一般要通过肝脓肿培养才得知。大部分脓肿是通过血或者胆道来源，通过皮表接触一些致病菌引起的肝脓肿很少见，一般不会引起肝脓肿。