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真菌性角膜炎一般侵犯的是角膜，在角膜上引起病变，比如引起角膜的卡压、疼痛，或者眼部轻微的不适等，侵犯角膜之后引起一种伪足或者卫星状的病变，在溃疡周围，容易引起上皮坏死、胶原溶解，或者抗原抗体形成免疫环，角膜的基质层容易受到进一步损害，甚至变性坏死，从而向角膜深部的炎症发展，有时会引起前房的积脓，比如前房的脓样分泌物，或者角膜的后缘有一些沉着物，在这个情况下就会引起角膜穿孔。如果真菌性角膜炎治疗不及时，用药时间不够长，就必须要手术治疗。