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胃肠间质瘤的治疗方法总体分为手术和药物治疗两种。手术治疗主要是指通过开腹或者腹腔镜手段进行肿瘤的局部切除，其局限性在于肿瘤相对局限在一种器官，或者是潜在可切除的间质瘤，手术切除是首选治疗原则。与此同时可能由于胃肠间质瘤对于传统的化疗药物并不敏感，相对用在胃癌、结直肠癌上的一些化疗药物，在胃肠间质瘤上并没有效果，因此对于胃肠间质瘤可以考虑采用一些靶向治疗。目前针对胃肠间质瘤的靶向治疗称为格列卫，已经非常明确可以用于某些基因特定表型胃肠间质瘤的术前、术后辅助治疗。