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慢粒白血病发病机制为9号和22号染色体易位形成新的费城染色体，此染色体产生融合基因，进而导致BCR-ABL融合蛋白的形成，而融合蛋白发出信号使粒细胞不再死亡，从而堆积在血管和器官中形成慢粒，因此费城染色体是慢粒白血病重要的发病机制。导致费城染色体出现的具体原因目前尚未有准确定论，推测可能与电离辐射、环境污染、患者的免疫状态和心理状态等有关。