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先天性食道闭锁的治疗需恢复消化道通畅性，将闭锁两端进行吻合。此外，先天性食道闭锁相当一部分患者会同时合并瘘的存在，因此要通过胸腔镜微创手术来处理食管瘘，将食管两端进行吻合。部分情况下需进行分期手术，分期手术需要进行胃部造瘘，如果没有血管闭锁则没有营养来源。通过胃部进行造瘘，可以把营养物质注入到胃里，从而维持生命。