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脑干和脊索是两个不同的部位，脊索瘤是生长于脊索部位的肿瘤，属于先天性疾病，可导致颅骨破坏，脊索位于脑干外侧，而脑干肿瘤是指生长于脑干内或脑干周围的肿瘤，多是后天形成，危险性较高。脊索瘤和脑干肿瘤均可通过手术治疗，而两个不同部位的肿瘤，性质不同，手术方式及预后不同，而脑干及其周围肿瘤，不论良性、恶性，手术风险极高，预后极差。