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肠道菌群的破坏是可以自己恢复的，比如腹泻后不治疗肠道菌群可自行恢复正常的过程，就是肠道菌群从失衡到平衡的过程。重建后的肠道菌群种类发生了变化，通过人体自身调节达到重新平衡的状态。任何一次肠道菌群失衡的过程，或者是抗生素使用的过程，都会对人体的肠道菌群造成影响，但在人体自身功能的调节下，可以使肠道菌群重新达到平衡的状态。