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清晨醒来口苦原因有很多，有以下几种情况：1、口腔疾病：口腔内病变及口腔炎症均可引起口苦；2、胃部疾病：比如胃炎、幽门螺杆菌感染、十二指肠球部溃疡等疾病也会引起口苦；3、肝胆系统疾病：肝胆系统疾病引起口苦的原因，首先是胆囊炎、胆汁淤积。胆汁是肝脏分泌产生的，肝脏24小时源源不断分泌产生胆汁，通过肝内胆道运输出来储存浓缩在胆囊。如果胆囊功能不好就会出现胆汁淤积，会觉得清晨有口苦表现。另外在肝功能异常、肝炎、肝硬化等情况下，肝功能不正常时也会出现口苦表现。这时也与胆汁淤积、肝功能不好有关，因此出现口苦。在排除口腔和胃部疾病后，要查腹部彩超，查肝功能，检查生化，看是否是肝胆系统疾病引起的口苦。