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治疗军团菌，目前首选喹诺酮类的药物，一般可以选择左氧氟沙星、莫西沙星，此类药物对于军团菌目前有较高的敏感性，出现耐药的非常少。另外也可以选择大环内酯类药物，其中首选阿奇霉素，阿奇霉素对于军团菌的作用强于其他大环内酯类的药物，比如比克拉霉素要强，所以一般选择阿奇霉素。但由于阿奇霉素近些年应用的几率比较多，所以阿奇霉素出现一定程度的耐药，对于军团菌的作用，目前似乎没有喹诺酮类的药物作用强，而且耐药的几率相对比喹诺酮类高。所以对于军团菌的治疗，目前一般首选喹诺酮类药物，但也可以选择阿奇霉素。尤其对于儿童，不能够应用喹诺酮类的药物，可以选择阿奇霉素。另外也可以选择四环素类的药物，可以应用米诺环素、多西环素，四环素类的药物对于军团菌也有比较强的敏感性。但儿童一般也不选择四环素类药物，因为可以引起四环素牙，但短期应用一般还不至于引起四环素牙的副作用。