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非结核分枝杆菌肺病的临床诊断主要依据以下几点： 1、临床表现，如咳嗽、咳痰、咳血、低热、消瘦和乏力等，亦可无明显的症状，但仅有咳嗽、咳痰、高热、畏寒、胸痛、类似肺部急性感染； 2、肺部的影像学改变，如CT检查发现病变； 3、病原学检查，在排除其它疾病，确保标本无外源性污染的前提下，符合以下条件之一者，并结合放射影像学和临床作出NTM肺病的诊断，第一，痰NTM培养3次均为同一致病菌；第二，痰NTM培养2次均为同一致病菌，一次抗酸杆菌涂片阳性；第三，支气管肺泡灌洗液NTM培养一次阳性；第四，肺泡灌洗液涂片阳性度两个+以上；第五，支气管肺组织活检物NTM培养阳性；第六，肺活检见与NTM改变相似的肉芽肿、痰或支气管肺泡灌洗液NTM培养阳性。 肺外NTM病，具有局部和全身症状，经相关检查发现有肺外组织、器官病变，已排除其它疾病。在确保标本无外源性污染的前提下，病变部位组织NTM培养阳性，即可作为肺外NTM病的诊断。