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胆管囊肿的原因，具有以下几点：1、胆胰汇合异常：胆管囊肿最主要的原因，目前是认为胆胰汇合异常引起，即胆道和胰管的汇合出现异常。此种情况下，胰液可以到胆道里刺激胆道的壁，对胆道壁产生损伤后，胆道壁就会出现膨胀，这时就出现胆管扩张的情况，这是目前公认的一个机理；2、发育不完全：认为在发育过程中胆道发育不完全，就会出现阶段性胆管囊肿扩张，这样的情况出现，也是胆管囊肿得少见的原因；3、遗传因素：认为与遗传因素有关，如女性胆管囊肿比男性的胆管囊肿多，其与女性基因变化、遗传变化有一定关系。但是此关系到底是什么原因引起，还没有公认的说法；4、其他后天因素：另外，还有认为胆管囊肿也可能与后天因素有一定的关系，如后天以后胆管可能产生堵塞等，胆管某个部位可以产生囊肿扩张等，但是这个因素目前也没有公认。