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经皮肾镜取石术最大风险是在穿刺过程中，不可能完全避免有些变异血管。肾脏的血管通常称为末端分叉，像树样的主干，然后越往上分，分成中末端，最后像树枝一样分开。多数情况下部分患者会血管变异，所以尽量避免在无血管处，无血管是无大的血管分支，尽量避免大的血管分叉穿刺进去。有部分患者血管走行，通常也不是正常走行，是在里面拐弯、迂曲，穿刺会穿到这类血管。如果遇到这种情况的患者，术后会有继发性出血，这是最大的并发症。遇到这种情况，高度选择性的把一支小的动脉栓塞，避免出血。