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肝胆科比较常见的疾病，包括有肝脏的良性或恶性肿瘤，肝脏的外伤、肝内胆管结石，或者是细菌、寄生虫感染而导致的感染性疾病而胆道系统疾病，包括胆囊的结石、胆囊炎、胆囊息肉、胆囊腺肌症，胆道系统的胆管结石包括肝内胆管结石、肝外胆管结石以及胆管癌等，胆囊也可以生长胆囊癌。此外还有胆道损伤，无论是外伤或者是医源性的胆道损伤，都可以引起胆道的狭窄、胆汁漏或者是黄疸。肝脏的一些先天性的疾病，包括肝内的血管瘤或者是肝内的胆管囊状扩张症，以及后天形成的退行性病，包括肝囊肿或者是寄生虫感染而导致的肝包虫病。胆道系统也有先天性的胆道闭锁，先天性胆总管囊肿等。肝胆外科和肝病内科治疗的方法存在很大的区别，外科主要是通过外科手术进行干预，肝病内科可以治疗像病毒性肝炎、药物性肝损伤、严重的脂肪肝或者是自身免疫性肝病等。