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沙眼衣原体检测阴性完全正常，但也要排除假阴性的可能，因此，两次查衣原体为阴性，才可基本确定为阴性。沙眼衣原体属于较常见病原体，临床常见于非淋性尿道炎，治疗时注意事项如下：1、抗生素治疗：使用头孢类抗生素效果并不会特别好，所以需使用大环内酯类抗生素，比如阿奇霉素、克拉霉素、红霉素、罗红霉素等，效果可能更好。有条件者可做沙眼衣原体培养以及药敏检查，针对性选择抗生素，达到更好的治疗效果，并且治疗疗程应＞2周才可根除；2、夫妻同治：可通过性传播，若一方未转阴，需戴安全套同房。