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通常甲亢被认为是自身免疫性疾病，具体病因不清楚。一些地方研究推测甲亢与微量元素缺乏有关，研究比较多的是硒微量元素，硒的缺乏与甲亢发病有无关系现在也没有定论。甲亢病因中可有遗传因素，可能导致家族聚集性发病。 治疗方面也有学者探讨使用硒制剂治疗甲亢，有些小规模研究团队认为甲亢患者补硒可能使甲功改善更加明显、甲状腺结节缩小、甲状腺抗体显著降低，但这仅是小规模临床研究，正规的指南中并无特别推荐，只是甲亢突眼轻度者某些地方推荐使用硒制剂进行治疗。