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肝脓肿的首选治疗方法是在超声引导下经皮经肝穿刺引流。一般情况下，如果病人没有凝血功能的障碍，没有出血性疾病，该方法非常安全，一般不会考虑患者会有明显大出血。但在治疗过程中，穿刺过程中要注意有少部分肝脓肿是胆源性肝脓肿，因此脓肿与胆道相通，穿刺之后可能会有胆瘘，病人愈合会比较慢。另外有一种情况，由于脓肿，患者治疗的时间比较久，由于在穿刺的过程中引流管的管头可以通过摩擦，有时会损伤到肝脏和胆道周围的小血管、小动脉或门静脉小分支可能会出现出血。处理也比较容易，通过血管介入的方法找到出血点，对其进行栓塞。但是由于栓塞之后，局部肝组织出现血运障碍，该部分组织会液化，因此治疗时间会相应延长。有少部分病人由于脓肿坏死，由于肝组织坏死的范围比较大，脓腔扩大，最后要通过手术的办法去清理脓肿、脓液。