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对于肝结石检查手段最常用的是超声检查。超声检查能够了解肝内胆管结石位置、数量的多少以及是否合并肝脏实质病变，如肝脏萎缩、肝脏硬化等情况。另外较为精确的检查是腹部增强核磁，对于肝脏是否合并恶性肿瘤，以及胆道显影会更为清晰。 在做肝脏切除手术前，必须进行相关核磁检查，CT检查也能够起到类似作用。但目前在肝脏胆管结石过程中，更愿意接受核磁影像结果，因为对胆道显影更有优势。除特异的影像检查外，还有常规检查，如血常规、生化、凝血以及肿瘤标志物，均为了解患者一般情况以及肝脏功能情况的重要指标。如果预计切除肝脏一部分，还要进行肝脏储备功能检测，检测残余肝脏是否能够维持身体所需，做出十分精准的评估。对于复杂肝脏切除手术，甚至需要进行3D重建，借助于影像学技术，对于需要切除肝脏和切除病灶进行可视化三维重建，从而对规划手术方案、医生了解切除病变非常具有帮助。