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早上起来以后嘴巴发苦原因很多、很复杂，可能由于口腔局部因素，或者由于其全身疾病所导致，详细可见如下：1、口腔因素：与口腔颌面部阻塞有关系，如阻塞性睡眠呼吸暂停即低通气综合征的患者，极可能会出现早起嘴巴苦的症状；2、全身因素：对于胃肠道疾病的患者、肝脏患者以及内脏疾病的患者；对于免疫系统紊乱，以及内分泌系统紊乱的患者，均可能会出现早起嘴巴苦的症状。如果长期出现此症状，建议引起高度的重视，尽早到正规医院的口腔科或者口腔医院的口腔颌面外科，以及正规医院的中医科进行相应会诊、诊治。随后再进行相应的分析，根据全身情况做出综合的判断，明确病因并针对其病因给予针对性治疗。