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手指部位长小水疱可以由多种疾病引起，具体如下：1、汗疱疹：属于湿疹样反应，具体病因并不是很清楚，可能与饮食刺激、气候变化、情绪波动、手部潮湿多汗以及接触致敏物质等有关，可以引起手指部位出现湿疹样炎症反应，导致手指侧缘出现深在性小水疱，通常有明显的瘙痒，后期还可能出现脱屑；2、水疱型手癣：是手指部位真菌感染所引起，致病真菌主要是皮肤癣菌，感染局部之后可以引起局部出现炎症反应，导致局部组织液渗出，出现小水疱，做真菌检查可以查到真菌的菌丝、孢子；3、病毒感染性疾病：比如发生在手指部位的单纯疱疹，或者累及手指部位的带状疱疹、手足口病、水痘等。