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肠镜下的诊断对于很多结肠、直肠病变是金标准，可以检出内痔、结直肠息肉、结直肠肿瘤、炎症性肠病，包括溃疡性结肠炎、克罗恩病，甚至结肠憩室、血管畸形等。肠镜在非常直观的情况下观察肠道黏膜的病变，如果出现病变，可以很直观地发现。而且肠镜能够在发现病变的同时进行病理活检，对结直肠癌的诊断提供确切依据。结直肠镜下病变的形态各异，结直肠息肉往往表面光滑，或者有管道腺瘤样的表现。结直肠癌出现菜花样隆起，凹陷病变、质地较硬、接触出血。炎症性肠病包括溃疡性结肠炎、克罗恩病，镜下主要看到弥漫性充血、水肿，点状的、密集的糜烂，甚至溃疡。克罗恩病可以看到重型的、深大的、裂隙样的溃疡。通过病变可以看到是隐窝脓肿、隐窝炎症，还是非干酪性肉芽肿，都可以起到确诊的价值。