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宫颈癌疫苗二价、四价、九价主要的区别是预防HPV病毒亚型不同。二价宫颈癌疫苗预防HPV16、18这两种亚型，四价宫颈癌疫苗可以预防HPV6、11、16、18这4种亚型。九价HPV疫苗就可以预防9种HPV亚型，包含6、11、16、18、31、33、45、52、58这9种亚型。宫颈癌的发生与高危人乳头瘤病毒感染非常密切，特别是HPV16和18这两种亚型，HPV16、18这两种亚型导致70%宫颈癌的发生，所以如果注射二价或者四价宫颈癌疫苗，可以预防70%的宫颈癌发生。除16、18型，31、33、45、58、52这几种高危型人乳头瘤病毒，也和宫颈癌关系非常密切。如果能注射九价的宫颈癌疫苗，可以预防90%的宫颈癌的发生。HPV6、11与尖锐湿疣有关系，所以如果能够注射四价和九价的宫颈癌疫苗，同时可以预防90%的尖锐湿疣发生。