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新生儿肠梗阻的原因比较多，常见的原因如下：1、消化道畸形：比如新生儿有两副肠子，新生儿特有的环形胰腺、肠子打结或多一段等。还有空肠闭锁，有的空肠闭锁像苹果皮一样是多个阶段闭锁，还有局部的闭锁，还有像风帽状的空肠，肠腔内部就有一个小孔，都会造成新生儿的肠梗阻；2、消化道肿瘤占位：比如肠息膜上有囊肿压迫肠管，也会引起新生儿肠梗阻。新生儿肠梗阻的原因各式各样，医生在术前要通过B超、CT，核磁共振等各种检查明确病因，积极对症治疗，一般预后都比较好。