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甲沟炎是指甲旁边的软组织发生的炎症，多半就是有细菌感染，会产生疼痛，甚至化脓这样一种情况。而灰指甲主要是指甲的霉菌感染，可能不产生疼痛，但是指甲可能会变黑、变灰，甚至粗糙，甚至松散等这样一些情况。1、发生的部位：灰指甲是发生在指甲，甲沟炎是发生在指甲的旁边，软组织，就是部位不一样；2、感染的细菌：引起甲沟炎和灰指甲的感染的细菌也不一样，甲沟炎多半都是细菌感染，而灰指甲是霉菌的感染；3、治疗：在治疗上当然也完全不同，甲沟炎主要是要抗炎治疗，或者是切开排脓，把脓液排出去，主要通过抗菌治疗，都可以得到恢复。而灰指甲，需要涂抹抗霉菌的药，有可能治疗起来比较困难，时间特别长。