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自身免疫性脑炎的治疗方案是一线治疗，一线治疗经常可以选择的糖皮质激素治疗、血浆置换，以及静注人免疫球蛋白治疗，是最常用于自身性免疫性脑炎的治疗。如果一线免疫治疗效果不佳，患者可以考虑二线自身免疫性脑炎治疗，二线治疗可以选用药物是利妥昔单抗和硫唑嘌呤。部分复发患者可能需要长程免疫治疗，需要使用吗替麦考酚酯或者硫唑嘌呤。此外，自身免疫性脑炎患者常伴有癫痫，癫痫患者可以考虑使用抗癫痫药物治疗，比如左乙拉西坦等。对于有精神症状的自身免疫性脑炎患者，要选择一定的药物治疗其精神症状，尤其是抗NMDA(N-甲基-D-天冬氨酸)的自身免疫性脑炎患者，要注意检查患者是否有畸胎瘤。如果合并有畸胎瘤，对畸胎瘤的肿瘤切除也是较重要的治疗方法。