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长期偏头痛原因目前不明确，发病相关疾病考虑有和遗传相关，家族性偏头痛，如母亲患有偏头痛，儿子、女儿同样患有偏头痛的情况。还有和内分泌相关，女性患者经期头痛，和内分泌相关，还有和环境相关，部分患者天气特别热时，部分患者天气特别冷时和周围环境相关，出现偏头痛。 近几年研究发现，长期偏头痛和卵圆孔未闭相关。卵圆孔是心脏上的结构，人从婴儿出生后，卵圆孔逐渐会关闭，但有25%人卵圆孔没有关闭会出现症状。